"מהומה קמה במחננו הקטן: מי היה לנו עכשיו המורה והמדריך?... אתה לא היית מנהיג, אתה היית המורה, החוזה והמדריך. אבל בלי חוזה ובלי מורה ומדריך, שבא לפני המנהיג אין מקום למנהיג. בא הרצל ומצא לפניו את החיל, שאתה, פינסקר, הכינות לו."מתוך ההספד שכתב מנחם אוסישקין על יהודה לייב פינסקר .
פעילים באגודת "חובבי ציון" התרשמו מאוש מספרו של פינסקר ורצו לצרפו אליהם.
באוגוסט 1883 היה פינסקר בכינוס חוקרי מדעי הטבע שהתקיים באודסה ושם השתכנע להצטף להקמת תנועת "חובבי ציון". פינסקר איחד כמה מנכבדים של היהודים שבאודסה כמו רופאים, עורכי דין וסוחרים ויחד הם הקימו אגודת "חובבי ציון" בשם "זרובבל".
אחת מפעולות של ועד האגודה היא יצירת קשרים עם חוגים שונים שהיו בערים אחרות והפצת הרעיון לאיחוד היהודים בארץ ישראל גם במקומות אחרים. בתקופה שבה נוצרו קשרים בין ערי אירופה נוסדו בארץ ישראל המושבות הראשונות של "חובבי ציון" ובניהן : זכרון יעקוב, ראשון לציון, נס ציונה וראש פינה.
בחודש נובמבר 1884 התכנסה האגודה הכללית הראשונה של "חובבי ציון" ברוסיה ומחוץ לה. בהתכנסות פינסקר ברר בחזרתו של העם היהודי אל החקלאות וההתיישבות בארץ ישראל.
בסיומה של הוועדה הוחלט על מספר פעולות שהן:
1.איחוד כל אגודות חובבי ציון במסגרת "מזכרת משה" הנועדה לעודד לחקלאות.
2. בחירת ועד מרכזי שינהל את ענייני התנועה.
3.שיגור משלחות לארץ ישראל בכדי לבדוק את המקום ולהציע עזרה למתיישבים.
בוועדה זו נבחר פינסקר ליושב ראש "חובבי ציון". פינסקר פעל במרץ ומסירות וגילה שהיה קל יותר לכתוב לבדו את הפתרון לשאלת היהדות מאשר לממש את רעיונותיו, הוא וחברי האגודה נתקלו בקשיים רבים והם עשו מאמצים רבים. עם הזמן הצטברה מרירות וכדי לטהר את האווירה עשו וועדה חדשה.
הוועדה עסקה בהאשמות בין המשכילים לדתיים בקשר לדרכי הפעולה ובזכות פינסקר הוועדה הסתיימה בהסכם הדדי.
ב1888 תשוש מבחינה פיזית ונפשית הגיש פינסקר את התפטרותו מהתנועה.
ב-21 בדצמבר 1891 נפטר פינסקר ממחלת לב ובשנת 1934 הובא ארונו של פינסקר לארץ ישראל והוא נטמן במערת ניקנור שעל הר הצופים.
